菇棚进水后，首先应将雨水排出，否则会造成杂菌大量繁殖，深入土层，在下一步的出菇管理中，易导致出菇菌棒感染杂菌。
　　通风晾晒
　　排水后勤通风，晾晒土壤。如果是棚顶覆盖草帘、棉被等的拱棚，也要保证充分良好的通风，让棚内水分尽快蒸发。待土壤稍微干燥后，往地面撒一层石灰粉，然后用旋耕机等均匀翻一遍，同时喷洒克霉灵、菌克等杀菌剂充分杀菌。
　　菌种处理
　　在棚里发菌的平菇菌种，受到雨水浸泡后，菌种已经不再纯净，无论是熟料栽培、半熟料栽培还是生料栽培，都不应该再作为菌种使用。可单独摆放，作为出菇袋子自然出菇。如果是刚接种的平菇三级种被水浸泡，已经没有再发菌的价值，可以将培养基晒干，再做熟料栽培使用。没有被水浸泡的菌种，受环境影响，也有可能感染杂菌及害虫，在使用时要多加小心，经严格检查才能使用。接种时间不长的菌种也要密切观察，发现感染，立即检出。
　　菌棒做好除菌
　　正在发菌期的菌棒，当前季节，基本是熟料或者半熟料栽培的菌棒，如果受到浸泡，感染的可能性很大，可以整理排放静置。如果发现感染严重，可以检出回炉，如果仅有少部分感染，建议保留。已经发好菌等待出菇的菌棒，如果被水浸泡，但浸泡时间不长，影响相对小，可以整理好重新摆放，等待出菇即可。同时建议喷洒菌克、菇保清、菌斑净等杀菌药剂，防止杂菌后期污染。
　　处于出菇期的菌棒，被水浸泡后的小菇及大菇基本已经死亡，应该将菌棒重新摆放，用清水将菌棒冲洗干净，同时配合喷洒菌斑净、菇保清等杀菌剂处理菌棒全身，防止细菌性污染，然后进行正常的出菇管理。此外，建议整个菇棚喷洒高效低毒杀虫杀螨剂，防止虫害。
　　原料干燥处理
　　如果棉籽壳等原料被水浸泡，生料栽培不能使用，可以做发酵料、半熟料和熟料栽培使用。
　　（孙庆温）