辣椒从育种初期到采收期不断吸收氮肥，其产量与氮肥吸收量之间有直接联系。辣椒的辛辣味与氮肥用量有关，施用量多会降低辣味。供干制的辣椒，应适当控制氮肥，增加磷、钾肥的比例。氮肥用量过多，营养生长过旺，果实会因不能及时得到钙的供应而产生脐腐病。在初花期特别要节制氮肥，否则，植株徒长。不管在辣椒的什么时期，正确使用肥料很重要。
　　1、基肥。亩产5000公斤，施腐熟有机肥5000～8000公斤，最好经金宝贝发酵剂处理，猪圈粪、人粪尿、土杂肥均可。过磷酸钙25～50公斤，掺入硫酸钾25～30公斤。整地前撒施60%基肥，定植时沟施40%。
　　2、苗肥。在12平方米苗床上，施入150～200公斤有机肥，撒施过磷酸钙1～2公斤，翻耕3～4遍。
　　3、定植肥。门果以上茎叶长出3～4节，结合浇水追施腐熟人粪尿每亩2000公斤。半月后，追施第二次量同前。每亩追施金宝贝发酵过的有机肥1500～2000公斤有机肥或硫酸铵40公斤。
　　4、叶面追肥。开花结果期，可叶面喷金宝贝海藻菌肥加0.3%磷酸二氢钾。
　　5、生物菌肥。生物菌肥不仅含有大量固氮、解磷、解钾活性菌，还含有有机质、腐殖酸和微量元素等，在辣椒的任何需肥期均可与其它肥料配合施用。高质量的菌肥,如金宝贝菌肥,不但可以节约肥料使用量，而且可以解决土壤板结、增加土壤微生物含量等问题。施用菌肥有利于辣椒辛辣味的提高，改善辣椒品质。